Transparansi dalam operasional Badan Pengelola Investasi Daya Anagata Nusantara (Danantara) menjadi imperatif guna menjaga kepercayaan publik dan efektivitas pengelolaan aset negara. Implementasi tata kelola perusahaan yang baik (good corporate governance) di seluruh Badan Usaha Milik Negara (BUMN) yang berada di bawah naungan Danantara menjadi fondasi utama.

 Prinsip-prinsip Santiago, yang mencakup 24 aspek penting terkait pertanggungjawaban, transparansi, dan akuntabilitas, harus diinternalisasi dan dipatuhi secara ketat. Selain itu, pembentukan dewan pengawas yang independen dan kredibel memiliki peran sentral dalam mengawasi kinerja Danantara dan memastikan kepatuhan terhadap regulasi. Audit oleh Kantor Akuntan Publik (KAP) dan publikasi laporan keuangan secara rutin, sejalan dengan regulasi dari Bank Indonesia (BI), Otoritas Jasa Keuangan (OJK), dan Bursa Efek Indonesia (BEI), juga krusial untuk memberikan informasi yang akurat dan transparan kepada publik.

Pemerintah juga perlu menjamin aksesibilitas informasi mengenai kebijakan dan keputusan strategis Danantara kepada masyarakat luas, serta mempertimbangkan pembentukan sistem pengawasan independen yang melibatkan lembaga internasional dan organisasi masyarakat sipil untuk menjamin objektivitas dan akuntabilitas yang optimal. Dengan langkah-langkah komprehensif ini, diharapkan Danantara dapat beroperasi secara transparan dan efisien, serta berkontribusi maksimal bagi kemajuan ekonomi Indonesia.

Meskipun ada harapan agar Badan Pengelola Investasi Daya Anagata Nusantara (Danantara) dikelola secara transparan terdapat kekhawatiran publik terkait akuntabilitasnya.  Keterbatasan Audit karena  sebagai badan yang berpayung hukum UU BUMN, Danantara tidak dapat diaudit oleh KPK. Audit oleh BPK dan BPKP hanya dapat dilakukan atas permintaan DPR